市自然資源局設下列15個內設機構：
一、辦公室。負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作。承擔信息、安全、保密、政務公開、宣傳等工作。承擔組織編制市自然資源中長期規(guī)劃和年度計劃工作。協(xié)調自然資源領域綜合改革有關工作。承擔自然資源領域重大課題調研、重要文稿起草、綜合統(tǒng)計分析工作。擬訂有關財務、資金管理制度，負責機關和所屬單位財務及國有資產監(jiān)管，負責部門預決算、政府采購、財政撥付、內部審計工作。組織開展自然資源領域的對外交流合作。
二、政策法規(guī)科。承擔有關地方性法規(guī)、規(guī)章草案和規(guī)范性文件起草工作。承擔有關規(guī)范性文件的合法性審查工作。統(tǒng)籌協(xié)調本系統(tǒng)依法行政和普法工作，組織開展法治宣傳教育。承擔行政復議、行政應訴有關工作。負責自然資源信訪工作。
三、行政審批科。負責對授權的自然資源行政審批事項和社會服務事項集中依法審批，對授權以外進駐實體窗口的業(yè)務負責材料傳送，并做好協(xié)調督促工作。對“十統(tǒng)一”政務服務系統(tǒng)的運行、達標情況實行事前、事中監(jiān)管。受理業(yè)務咨詢。負責跨區(qū)域建設項目（含建筑、市政，下同）及重大項目的選址和建設工程設計方案審查、行政許可及規(guī)劃條件核發(fā)，以及相應的建設工程驗線和規(guī)劃條件核實工作。負責城市基礎設施配套費的代征工作。負責統(tǒng)籌協(xié)調分局的行政審批工作。
四、自然資源調查確權登記科（市政府調處自然資源爭議辦公室）。建立自然資源定期調查監(jiān)測評價制度。定期組織實施全市性自然資源基礎調查、變更調查、動態(tài)監(jiān)測和分析評價。開展水、森林、濕地資源和地理國情等專項調查監(jiān)測評價工作。承擔自然資源調查監(jiān)測評價成果的匯交、管理、維護、發(fā)布、共享和利用監(jiān)督。指導縣（市、區(qū)）自然資源調查監(jiān)測評價工作。擬訂各類自然資源和不動產統(tǒng)一確權登記、權籍調查、不動產測繪、爭議調處、成果應用的制度。指導監(jiān)督全市自然資源和不動產確權登記工作。建立健全全市自然資源和不動產登記信息管理基礎平臺，管理登記資料。調處土地、林權等重大自然資源權屬爭議。
五、自然資源開發(fā)利用科。擬訂全民所有自然資源資產管理政策，建立全民所有自然資源資產統(tǒng)計制度，承擔自然資源資產價值評估和資產核算工作。編制本市全民所有自然資源資產負債表，擬訂相關考核標準。擬訂全民所有自然資源資產劃撥、出讓、租賃、作價出資、土地儲備政策。擬訂自然資源資產有償使用制度并監(jiān)督實施，建立自然資源市場交易規(guī)則和交易平臺，組織開展自然資源市場調控。負責自然資源市場監(jiān)督管理和動態(tài)監(jiān)測，建立自然資源市場信用體系。建立政府公示自然資源價格體系，組織開展自然資源分等定級價格評估。組織實施自然資源開發(fā)利用標準，開展評價考核，指導實施節(jié)約集約利用。統(tǒng)籌推進全市“三舊”改造工作，會同有關部門擬訂“三舊”改造政策并組織實施。負責土地出讓金行政征收。負責市建設用地審批（審核）委員會日常工作。
六、國土空間規(guī)劃科。擬訂國土空間規(guī)劃相關政策，承擔建立空間規(guī)劃體系工作并監(jiān)督實施。擬訂城鄉(xiāng)建設長遠規(guī)劃及年度規(guī)劃編制計劃。組織編制全市國土空間規(guī)劃、市區(qū)總體規(guī)劃和各相關專項規(guī)劃并監(jiān)督實施。負責組織編制、審核市規(guī)劃區(qū)內控制性詳細規(guī)劃，負責組織編制重要地區(qū)、重點地段修建性詳細規(guī)劃及城市設計。承擔報省政府及市政府審批的國土空間規(guī)劃的審核、報批工作，指導和審核涉及國土空間開發(fā)利用的重大專項規(guī)劃。開展國土空間開發(fā)適宜性評價，負責國土空間規(guī)劃實施監(jiān)測、評估和預警。
七、國土空間用途管制科。監(jiān)督實施國土空間用途管制制度規(guī)范和技術標準。提出土地年度利用計劃并組織實施。組織擬訂耕地、林地、草地、濕地等國土空間用途轉用政策，對建設項目用地進行審核和預審。承擔各類土地用途轉用的審核、報批工作。承擔土地征收征用管理工作及城鄉(xiāng)建設用地增減掛鉤工作。擬訂城鄉(xiāng)規(guī)劃管理等用途管制政策并監(jiān)督實施。
八、耕地保護和國土空間生態(tài)修復科。擬訂并實施耕地保護政策規(guī)定，組織實施耕地保護責任目標考核和永久基本農田特殊保護，負責永久基本農田劃定、占用和補劃的監(jiān)督管理。承擔耕地占補平衡管理工作。負責耕地保護政策與林地、草地、濕地等土地資源保護政策的銜接。承擔國土空間生態(tài)修復政策研究工作，擬訂國土空間生態(tài)修復規(guī)劃。承擔國土空間綜合整治、土地整理復墾（含拆舊復墾）、礦山地質環(huán)境恢復治理等工作。承擔生態(tài)保護補償相關工作。指導縣（市、區(qū)）國土空間生態(tài)修復工作。
九、地質勘查和地質災害防治科。管理地質勘查行業(yè)和全市地質工作。組織編制地質勘查規(guī)劃并監(jiān)督檢查執(zhí)行情況。管理市級地質勘查項目，組織實施市重大地質礦產勘查專項。監(jiān)督管理地下水過量開采及引發(fā)的地面沉降等地質問題。負責落實防災減災規(guī)劃相關要求，組織編制地質災害防治規(guī)劃并指導實施。承擔地質災害預防和治理工作。參與地質災害應急處置。組織指導協(xié)調和監(jiān)督全市地質災害調查評價及隱患的普查、詳查、排查。指導開展群測群防、專業(yè)監(jiān)測和預報預警等工作。
十、礦產資源管理科。編制實施礦產資源規(guī)劃。監(jiān)督管理礦產資源合理利用和保護。承擔探礦權、采礦權審批登記，負責重要礦區(qū)和保護性開采的特定礦種開采管理工作。承擔礦產資源儲量評審、備案、登記、統(tǒng)計和信息發(fā)布及建設項目壓覆重要礦產查詢相關工作。實施礦山儲量動態(tài)管理，建立礦產資源安全監(jiān)測預警體系。監(jiān)督地質資料匯交、保管和利用。調處重大礦業(yè)權權屬糾紛。監(jiān)督管理古生物化石。
十一、村鎮(zhèn)規(guī)劃管理科。負責全市城鎮(zhèn)規(guī)劃的管理和督查；負責全市規(guī)劃行業(yè)監(jiān)管。負責對下轄縣（市）規(guī)劃管理進行技術指導和業(yè)務培訓。負責組織對下轄縣（市）縣城及中心鎮(zhèn)的總體規(guī)劃進行審查（批）。負責全市城鄉(xiāng)規(guī)劃統(tǒng)計相關工作。指導綠道規(guī)劃建設管理，統(tǒng)籌協(xié)調推進南粵古驛道修復和活化利用。
十二、自然資源技術科。擬訂自然資源領域科技發(fā)展規(guī)劃、計劃并組織實施。組織實施自然資源領域市級重大科技工程、項目及創(chuàng)新能力建設。承擔科技體系建設及科技成果的管理工作。負責擬訂城鄉(xiāng)規(guī)劃管理相關技術標準，監(jiān)督實施有關技術標準、規(guī)程規(guī)范。承擔自然資源信息化改革和管理相關工作；負責自然資源信息數(shù)據庫的管理；負責自然資源業(yè)務培訓、技術會議、市城市規(guī)劃委員會辦公室日常工作。
十三、測繪地理信息管理科。擬訂全市基礎測繪規(guī)劃、計劃并監(jiān)督實施。組織實施市級基礎測繪和地理信息資源建設等重大項目。建立和管理全市測繪基準、測繪系統(tǒng)。監(jiān)督管理民用測繪航空攝影和衛(wèi)星遙感。擬訂測繪行業(yè)管理政策，監(jiān)督管理測繪活動、質量，管理測繪資質資格。擬訂地理信息安全保密政策措施并監(jiān)督實施。負責地理信息成果管理和測量標志保護，審核重要地理信息數(shù)據。負責地圖管理，審查向社會公開的地圖，監(jiān)督互聯(lián)網地圖服務，開展國家版圖意識宣傳教育，協(xié)同擬訂界線標準樣圖。提供地理信息應急保障，指導監(jiān)督地理信息公共服務。
十四、執(zhí)法監(jiān)督科。擬訂自然資源違法案件查處的規(guī)定并指導實施。查處重大國土空間規(guī)劃和自然資源違法案件，指導監(jiān)督全市違法案件調查處理工作，協(xié)調解決跨區(qū)域違法案件查處。配合國家自然資源領域督察相關工作。負責市規(guī)劃區(qū)違法建設的規(guī)劃定性工作。指導縣（市、區(qū)）自然資源執(zhí)法機構和隊伍建設。
十五、人事科。承擔機關和所屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資等工作。指導自然資源人才隊伍建設等工作。承擔機關和所屬單位的離退休人員服務工作。承擔行業(yè)相關的職稱改革及專業(yè)技術職稱評審工作。負責自然資源能力素質培訓。
機關黨委。負責機關和所屬單位的黨群工作。
